Det är oklart om den ryske ledaren befann sig på planet.
Ukraina har upprepade gånger bevisat att den ryska huvudstaden Moskva ligger väl inom ukrainsk räckvidd för attacker, och enligt nya rapporter baserade på flygdata har det till och med tvingat ett ryskt presidentplan att ändra sina planer mitt under flygningen.
Flygspårningsdata från Flightradar24, som citeras av The New York Times, visade ett Il-96-presidentjet med registreringsnummer 96025 närma sig Moskva när inkommande drönare och små ballonger utlöste akuta försvarsvarningar nära staden.
Inom några minuter stängde myndigheterna av alla större flygplatser som betjänar den ryska huvudstaden.
Då planet inte kunde landa vände besättningen presidentplanet norrut. De omdirigerades till Sankt Petersburg innan de flög tillbaka till Moskva senare samma kväll.
Mysterium över Moskva
Det stora jetplanet hade avgått från Turkmenbasji efter ett internationellt toppmöte i Turkmenistan. Den ryske ledaren Vladimir Putin hade fotograferats när han steg av samma flygplan under sitt diplomatiska besök i den centralasiatiska nationen.
Officiella uppgifter bekräftar dock inte om Putin faktiskt var ombord under omdirigeringen.
Kreml-tjänstemän har förblivit tysta om incidenten.
Rapporter från den ryska Telegram-kanalen Novaja Plosjtjad noterade att fyra regeringsflygplan drabbades av stora förseningar. Tre av dessa plan återvände från toppmötet.
Kanalen rapporterade att sådana störningar för VIP-statsflyg inte hade inträffat sedan Ryssland inledde sin fullskaliga invasion av Ukraina.
Luftburet kommandocenter
Kreml förlitar sig på specialbyggda Il-96-flygplan. Dessa presidentjetplan är designade som mobila kommandocenter för större krissituationer och bär avancerade försvarssystem.
Men även kärnvapenberedda luftburna kommandocenter måste följa standardiserade säkerhetsprocedurer när fiendens drönare svärmar in över huvudstadens vältrafikerade luftrum.
I början av september varnade Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj för att ryskt luftrum blev allt osäkrare för flygtrafik och uppmanade civila flygbolag att ompröva resor genom ryskt luftrum.
Han hävdade att Moskvas krig effektivt stängde dess eget luftrum samtidigt som det internationella flyget riskerades.
