Trump ifrågasatte nyligen Kennedy om hans framsteg i utredningen om vacciner.
Politiska allianser är som bekant sköra.
Även högt uppsatta tjänstemän kan plötsligt hamna i onåd efter en dålig vecka i rubrikerna.
Men ibland verkar några stormiga dagar bara befästa ett kontroversiellt partnerskap.
Ett offentligt försvar
Hälsominister Robert F. Kennedy Jr. medverkade i radio på måndagen för att reda ut situationen. Han gästade Sid Rosenberg i ett morgonprogram på WABC. Målet var enkelt: han behövde diskutera sin nuvarande ställning i administrationen.
Framträdandet följde på en våg av intensiv mediegranskning. Kennedy använde sändningen för att avfärda rykten om en spricka med president Donald Trump.
”Min relation med presidenten är mycket, mycket stark och jag känner inget annat än tacksamhet”, sade Kennedy under intervjun. Han tillade att presidenten aktivt uppmuntrade honom att fortsätta.
Bakom stängda dörrar
Radiosamtalet följde på en avslöjande artikel i Wall Street Journal. Tidningen rapporterade att Trump nyligen ifrågasatte Kennedys framsteg i utredningen om vacciner.
Källor uppgav för tidningen att de två männen åt lunch på en golfbana i Virginia i maj. Under det mötet ska presidenten ha antytt att Kennedy drog fötterna efter sig när det gällde att utforska motbevisade teorier som kopplar vacciner till autism.
Detta specifika medicinska påstående har i årtionden avfärdats av forskare världen över. Trots detta hävdar Kennedy att överbefälhavaren stöder honom.
”Han har hållit sitt ord till mig i varje fråga och om något uppmuntrar han mig att göra mer och mer”, sade Kennedy till Rosenberg.
Helgens tv-bråk
Tidpunkten för radioframträdandet var ingen slump. Det skedde bara en dag efter att Kennedy hamnat i ett hätskt tv-bråk med CNN-ankaret Dana Bash.
Under söndagens sändning utbytte de personliga gliringar om medicinska meriter. Kennedy sade till programledaren att hon inte kunde förstå hans poänger eftersom hon inte var forskare.
”Nå, det är inte du heller!” svarade Bash omedelbart.
När Kennedy anklagade henne för att vara förvirrad vägrade ankaret att ge sig. ”Jag är inte alls förvirrad. Jag är frustrerad”, svarade hon i sändning.
Frigör globala medel
Samtidigt har Kennedy äntligen fattat ett viktigt ekonomiskt beslut på den globala scenen. Trumpadministrationen meddelade på onsdagen att den kommer att frigöra 600 miljoner US-dollar till en stor internationell vaccinallians känd som Gavi.
Kennedy hade tidigare fryst pengarna på grund av oro för ett specifikt konserveringsmedel. USA:s utrikesdepartement bekräftade att pengarna nu kommer att flöda, eftersom Gavi gått med på att övergå från kvicksilverhaltiga produkter.
Denna förändring kanske inte egentligen är en stor eftergift. Sania Nishtar, Gavis verkställande direktör, noterade att hennes organisation redan var på väg bort från konserveringsmedlet i vilket fall som helst.
Källor: The Irish Star, WABC, The Wall Street Journal, CNN, USA:s utrikesdepartement