Den största reservoaren på den grekiska ön Naxos har torkat ut och endast lerigt vatten för sköldpaddorna finns kvar.
Dessutom har havsvatten trängt in i tomma brunnar och skadat öns berömda potatisskördar.
På ön Karpathos har myndigheterna infört begränsningar för att fylla simbassänger, medan tjänstemän på ön Thasos försöker få tag på en maskin som kan göra havsvatten drickbart.
Enligt Reuters har större delen av Grekland haft lite eller ingen regn under flera månader.
"Det har varit en intensiv brist på nederbörd över Medelhavet och särskilt på Naxos är våra vattenreservoarer tomma," sade öns borgmästare, Dimitris Lianos.
Miljontals turister besöker Grekland varje år för dess antika platser, vackra stränder och klara vatten. Men klimatförändringarna, inklusive högre temperaturer, oregelbundna nederbörd och skogsbränder, hotar denna viktiga del av ekonomin.
I år har Grekland upplevt den varmaste vintern någonsin registrerad, vilket ledde till att skogsbränder bröt ut ovanligt tidigt. Förra månaden omkom minst sex turister, däribland den brittiska TV-presentatören Michael Mosley, under svåra värmeböljor.
Allvarlig vattenbrist på Naxos
På den bergiga ön Naxos, som är en av de torraste platserna i Egeiska havet med 20 000 invånare, är vattenbristen extremt allvarlig. Varje sommar besöks ön av tiotusentals turister. De två reservoarerna på ön rymmer nu bara 220 000 kubikmeter vatten, vilket är bara en tredjedel av förra årets nivå.
Myndigheterna har anskaffat tre bärbara avsaltningsenheter för att göra havsvatten drickbart. Borgmästare Lianos förklarar att dessa enheter bör räcka till för att täcka vattenbehovet i hem, hotell och pooler. Bönderna kommer dock inte att få tillgång till det behandlade vattnet utan måste förlita sig på brunnar som blivit kontaminerade av havsvatten. Denna kontaminering inträffar när brunnarna är så tomma att saltvatten kan sippra in.
Medelhavets vattenkris
Länder runtom Medelhavet, inklusive Spanien och Italien, vänder sig alltmer till avsaltningsteknik för att stärka sina vattentillgångar. Trots detta kämpar leverantörerna med att möta den höga efterfrågan.
På Thasos, en ö som är lummigare än den klippiga ön Naxos, planerar man att köpa en avsaltningsenhet för framtida användning. Den Greklandsbaserade tillverkaren Sychem kan inte möta all kundefterfrågan denna sommar på grund av brist på viktiga komponenter och längre produktionstider.
"Problemet är utbrett och all tillfällig utrustning har redan hyrts ut," sade Sychems verkställande direktör Alexandros Yfantis.
