Incidenten inträffade utanför ett kulturhus i Handlova, där han precis hade avslutat ett regeringsmöte.
Reuters citerar ett vittne som säger att flera skott avlossades när premiärministern var på väg ut från mötet.
Robert Fico, som har tjänat som premiärminister under fyra mandatperioder och är partiledare för det socialdemokratiska partiet Smer, har förts till sjukhus.
Skadeläget är dock fortfarande oklart.
Parlamentets vice talman har bekräftat händelsen, och den slovakiska tidningen Pravda rapporterar att den misstänkte skytten har gripits av polis.
